まず一つ目ですが、アイロンで髪が細くなることはありません。
乾燥してひろがったり、使用頻度が高いとキューティクルが損傷して髪のなかのたんぱく質などが流出して、ハリコシがなくなり弱々しいかみになることはあります。
二つ目ですが、アイロンによって毛根がダメージを受けるというのはまずないと思います。地肌を火傷するほど根元からアイロンを入れて痛めつけることになります。そんな熱い痛いことはされてないとおもいます。
細い髪の毛の原因は別だと思われます。考えられるのは、毛穴に汗や皮脂汚れなどが詰まってしまっているか、過剰なストレス的なものでホルモンバランスが崩れたのが部分的にでてきてしまったか、と思います。
実際の状態がわからないので、一概には言えません。ヘッドスパやマッサージで汚れの除去や血行促進は有効だと思います。
一度美容師さんに現状を話して、みてもらうのが一番いいとおもいますよ。